%0 Journal Article %A 束俊辉 %A 谢江 %A 薛倩斐 %A 张武 %T 基于消息传递接口的大规模生物网络比对并行化算法 %D 2014 %R 10.11772/j.issn.1001-9081.2014.11.3117 %J 计算机应用 %P 3117-3120 %V 34 %N 11 %X

为有效降低生物网络比对算法的时间复杂度,提出一种基于可扩展的蛋白质相互作用网络比对(SPINAL)算法的消息传递接口(MPI)并行化实现方法。该方法将MPI并行化思想运用在SPINAL算法中,在多核环境中采用并行排序代替算法原本的排序方式,并结合负载均衡策略合理分配任务。实验结果表明,与未使用并行排序以及负载均衡策略相比,该方法在处理大规模生物网络比对时能有效地缩短计算时间,提高运算效率,对于不同组比对数据都有较为稳定的优化保障,具有良好的可扩展性。

%U http://www.joca.cn/CN/10.11772/j.issn.1001-9081.2014.11.3117