计算机应用 ›› 2014, Vol. 34 ›› Issue (11): 3117-3120.DOI: 10.11772/j.issn.1001-9081.2014.11.3117
• 2014年全国开放式分布与并行计算学术年会(DPCS 2014)论文 • 上一篇 下一篇
收稿日期:
2014-07-22
修回日期:
2014-07-30
出版日期:
2014-11-01
发布日期:
2014-12-01
通讯作者:
束俊辉
作者简介:
基金资助:
国家自然科学基金资助项目;高等学校博士学科点专项科研基金资助项目;上海市科学技术委员会重点科研项目
SHU Junhui1,ZHANG Wu1,2,XUE Qianfei1,XIE Jiang2,3
Received:
2014-07-22
Revised:
2014-07-30
Online:
2014-11-01
Published:
2014-12-01
Contact:
SHU Junhui
Supported by:
Project supported by the National Natural Science Foundation of China
摘要:
为有效降低生物网络比对算法的时间复杂度,提出一种基于可扩展的蛋白质相互作用网络比对(SPINAL)算法的消息传递接口(MPI)并行化实现方法。该方法将MPI并行化思想运用在SPINAL算法中,在多核环境中采用并行排序代替算法原本的排序方式,并结合负载均衡策略合理分配任务。实验结果表明,与未使用并行排序以及负载均衡策略相比,该方法在处理大规模生物网络比对时能有效地缩短计算时间,提高运算效率,对于不同组比对数据都有较为稳定的优化保障,具有良好的可扩展性。
中图分类号:
束俊辉 张武 薛倩斐 谢江. 基于消息传递接口的大规模生物网络比对并行化算法[J]. 计算机应用, 2014, 34(11): 3117-3120.
SHU Junhui ZHANG Wu XUE Qianfei XIE Jiang. Parallel alignment algorithm of large scale biological networks based on message passing interface[J]. Journal of Computer Applications, 2014, 34(11): 3117-3120.
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