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1. 基于OpenMP的分子动力学并行算法的性能分析与优化

白明泽程丽豆育升孙世新

计算机应用 2012, 32 (01): 163-166. DOI: 10.3724/SP.J.1087.2012.00163

摘要（1397）

PDF （676KB）（839）

为提高分子动力学模拟在共享内存式服务器上的计算速度，对基于OpenMP的分子动力学并行算法(Critical方法)进行了性能分析与优化。通过在多核服务器上的测试,以及加速比和并行效率的计算分析了Critical方法的并行性能，进而提出优化的三角形方法。所提方法中每个线程所计算的粒子数固定，且粒子数目呈阶梯状上升，使得各线程能够错时到达临界区。从而使程序在临界区的闲置时间比Critical方法减半，加速比明显提高。

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2. 混合并行技术在激光化学反应模拟中的应用

李鸿健白明泽唐红孙世新

计算机应用 2010, 30 (06): 1687-1689.

摘要（1211）

PDF （483KB）（995）

为提高激光化学反应模拟效率,在半经典分子动力学模拟中引入混合并行技术和双层并行思想。基于MPI+OpenMP混合模型设计并实现激光化学反应双层并行模拟算法,上层基于MPI实现节点间的原子分解并行,下层基于OpenMP实现节点内的多线程矩阵并行乘法。在SMP集群中测试表明,模拟大分子体系激光化学反应并行效率可达60%以上。因此,应用混合并行技术可有效提高激光化学反应模拟效率。